パフォーマンスモニターの出力形式にはバイナリとテキスト（カンマ or タブ）、SQLが利用でき、データコレクタセットのプロパティで変更が可能です。
バイナリを選択するとblg形式でOSでグラフ表示が可能なファイルフォーマットで出力され、カンマ区切りとタブ区切りはcsvとテキストファイル形式になります。
SQLはログをMicrosoft SQL Severに保存しますので、品質や加工の可能性を考えると有利なような気がしますが、Microsoft SQL Severを導入するシステムでしたら、JP1やSystemwalker、Tivoliと言った監視・管理ツールが導入されているケースも多いかと思いますので、割愛します。
出力フォーマットはバイナリでもテキストでもいいかともいますが、バイナリはcsv等のテキスト形式に変換が可能なため、より柔軟なフォーマットと言えます。
例：DataCollector01.blgファイルをDataCollector01.csvに変換する
relog DataCollector01.blg -o DataCollector01.csv -f CSV幾度か検証を重ねたときに意外なことに気が付きました。
csv（カンマ区切り）が時間とともにファイル容量は増加していくのに対して、blg（バイナリ）形式はパフォーマンスモニターが停止した時にファイル容量が表示されます。
出力されるまでバイナリデータがどこにキャッシュされているか不明なため、ログデータのロストを防ぎたいならcsvかテキスト形式をお勧めします。但し、循環などの一部設定はバイナリ形式しか対応していないので、ご注意ください。
バイナリですとOSの高負荷状況やハングアップ時にデータロストするかもしれません。
csvですとパフォーマンスモニターが動作している途中でログをコピーしてもそれまでの結果を確認することが可能です。
ご参考まで。